一般来说，对于企业所得税汇算清缴，税务部门很少直接发起复核，反而是科技部门、、安监部门、财政部门审计等部门的例行抽检比较容易发现问题。从某省2019年抽检情况来看，出现的问题主要集中在科技人员、研发费用、高新收入、知识产权取得时间等方面：不少企业过去三年纳税申报表未体现研发费；组织的现场抽查答辩通过率非常低；系统排查的知识产权当中，筛选出若干企业的知识产权有重复使用情况……
此处对复核发起和重新认定的时间点要明确一下。高新技术企业通常在期满当年提出重新认定申请，但也不，有些企业可能在资格期满不满足认定要求，待以后年度符合条件后，才申请重新认定。相比重新认定，复核的时间点比较随机和不确定性：有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，会以书面形式提请认定机构复核，这个复核触发时间有可能在高新技术企业资格有效期内，也有可能在高新技术企业资格期期满之后，甚至有可能在重新认定高新技术企业资格之后。
因此，不管是为以后重新认定亦或是应付相关部门日常管理，企业需要密切关注获得资格年度开始连续三年滚动的相关备查资料数据质量。